Морские фильтры идентичны по строению и функциям фильтрам для пресноводных аквариумов. Они снижают нагрузку на пеноотделители и осуществляют как биологическую, и отчасти механическую, так и химическую фильтрацию воды. Основным наполнителем морских фильтров обычно являются различные полимеры соединений углерода, и на них поселяются активные колонии бактерий, которые осуществляют перевод токсичных аммония и нитритов в менее опасные формы азота. Дополнительно в фильтры можно помещать адсорбенты, способные выводить из системы фосфаты, силикаты, хлориды и другие вредные вещества. В отличие от пресноводных фильтров морские изготавливаются из химически нейтрального пластика, а металлические детали по возможности заменены на пластиковые и керамические.