В аквариумах, густо населенных морскими животными, в ходе биологической фильтрации образуется большое количество окисленной формы азота – нитратов. Однако по сравнению с пресноводными аквариумами, возможности по выведению нитратов весьма ограничены. Высокие концентрации нитратов могут оказывать негативное влияние на рост и развитие кораллов и других беспозвоночных, а также ослаблять морских рыб и делать их восприимчивыми к различным заболеваниям. Процессы восстановления соединений азота широко распространены в природе и происходят в анаэробных условиях. Приспособленные к этим условиям бактериальные сообщества существуют за счет перевода нитратов в нитриты, которые восстанавливаются далее до окисей и закисей азота, и в конечном итоге высвобождается молекулярный азот, который практически не растворим в воде и поднимается в атмосферу. Такие процессы, протекающие, например, в толще аквариумного грунта, не достаточно эффективны, поэтому для поддержания здоровой среды в рифовом аквариуме рекомендуется использовать специальные денитрификаторы и биологические наполнители к ним.